my labwork

MTT assay

Apa itu MTT assay?

MTT assay merupakan metode yang jamak digunakan dalam penelitian mengenai agen antikanker. Metode ini digunakan untuk menguji aktivitas sitotoksik sampel penelitian pada kultur sel yang digunakan.

Bagaimana prinsip MTT assay?

Prinsip metode ini adalah reaksi redoks yang terjadi di dalam sel. MTT (3-(4,5-Dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide) direduksi menjadi garam formazan oleh enzim suksinat dehidrogenase yang terdapat di dalam mitokondria sel hidup. Reaksi dibiarkan terjadi selama 4 jam kemudian ditambahkan reagen stopper. Reagen stopper tersebut akan melisis membran sel sehingga garam formazan dapat keluar dari sel, serta melarutkan garam formazan tersebut. Garam formazan yang terbentuk dikuantifikasi dengan spektrofotometer dan diukur dalam bentuk absorbansi. Semakin tinggi absorbansi, semakin banyak sel yang hidup (viabilitas sel tinggi)

Continue reading “MTT assay”

Advertisements
review · tips

Dysmenorrhea, ‘Musuh’ Bulanan Wanita

Dysmenorrhea atau nyeri haid mungkin adalah penyakit yang paling sering dikeluhkan oleh wanita. Tidak semua  wanita merasakan gangguan bulanan ini, saya termasuk wanita yang bersyukur ini hehe. Tapi ada juga yang sampai tidak bisa bangun dari tempat tidur dan mengganggu aktivitas sehari-hari. Apa sebenarnya penyebab dysmenorrhea ini dan upaya apa saja yang bisa meringankannya? Sudahkah kamu lakukan? ini adalah sedikit review dari artikel yang ditulis oleh French (2005).

Apa itu dysmenorrhea?

Dysmenorrhea adalah rasa sakit pada bagian panggul ketika akan menstruasi hingga tiga hari setelah mens dimulai. Pelepasan prostaglandin (zat penyebab radang) dan vasopressin saat menstruasi menyebabkan kontraksi rahim dan menimbulkan rasa sakit. Prevalensi dysmenorrhae cukup tinggi, apalagi pada remaja dan wanita muda. 15% remaja mengalami dysmenorrhae dan menjadi penyebab absen sekolah utama di US. Bagaimana dengan di Indonesia ya? Kalo dulu jaman saya sekolah sih, dysmenorrhae menjadi alasan untuk dapat menghuni UKS sekolah, hehe 🙂

Continue reading “Dysmenorrhea, ‘Musuh’ Bulanan Wanita”

review

Fibroadenoma Mammae, Fenomena Gunung Es di Kalangan Wanita Muda?

Kaget, itu hal pertama yang saya rasakan mengetahui ada teman yang akan operasi pengangkatan FAM. FAM? Agak awam terdengar. Kepanjangannya adalah Fibroadenoma Mammae. Adenoma, tumor. Wah, agak seram ini. Tapi ternyata, FAM ini cukup banyak pernah diderita oleh wanita loh. Teman di kampus ada lebih dari 2 orang yang pernah memiliki FAM, teman KKN juga 2 orang. Insidensinya cukup tinggi ternyata. Berdasarkan penelitian, 15% wanita mengalami fibroadenoma mammae dan sekita 80% di antaranya diderita oleh wanita di bawah usia 30 tahun. Ini tentu menjadi sinyal ‘waspada’ bagi kita wanita-wanita muda, untuk mengetahui dengan pasti bagaimana gejala serta apa yang harus dilakukan ketika ternyata positif memiliki FAM.

Continue reading “Fibroadenoma Mammae, Fenomena Gunung Es di Kalangan Wanita Muda?”

molecular biology

Activities of the high-risk HPV E6 and E7 protein (Article Review)

diringkas dari Fehrmann and Laimins (2003) : Human papillomaviruses: targeting differentiating epithelial cells for malignant transformation

protein E6

  • protein E6 harus bekerja bersama dengan E7 untuk menginduksi immortalisasi HFK (primary human keratinocytes)
  • fungsi penting E6
  1. berikatan dengan p53 (tumor supressor protein ) –> degradasi p53 melalui ubiquitinasi
  2. mengaktivasi telomerase
  • fungsi tersebut berkaitan dengan keberlangsungan hidup HPV dalam host. HPV menstimulasi fase S untuk replikasi genom, jika terjadi overekspresi p53 maka siklus sel akan berhenti (arrest) atau terjadi apoptosis dan replikasi genom HPV gagal. Oleh karena itu, p53 didegradasi oleh E6.
  • mekanisme degradasi p53 oleh E6 : protein E6 berikatan dengan ubiquitin-ligase seluler, berupa E6-associated protein (E6-AP) –> kompleks ini berikatan dengan p53 –> E6-AP meng-ubiquitinasi lisin pada p53 –> inisiasi proteolisis oleh proteasom
  • degradasi p53 menyebabkan sel yang mengalami perubahan genetik dapat melewati checkpoint G1/S dan G2/M sehingga dapat menyebabkan transformasi malignan

Protein E7

  • fungsi protein E7 dalam perkembangan kanker berasosiasi dengan anggota famili protein tumor supressor Retinoblastoma (Rb) untuk memfasilitasi progresi ke dalam fase S
  • E7 mengikat Rb ketika fase hiperfosforilasi, mencegah Rb berikatan dengan E2F, sehingga menyebabkan progresi siklus sel
  • pada sel epitel normal, sel yang keluar dari siklus sel akan berdifferensiasi diakibatkan aksi dari Rb. E7 yang berikatan dengan Rb menyebabkan progresi siklus sel pada sel yang berdiferensiasi dan menyebabkan replikasi gen HPV
  • E7 juga dapat mendegradasi Rb melalui ubiquitinasi (kecuali pada tipe HPV-1)
  • E7 juga menghambat aktivitas p21 dan p27 –> mencegah terjadinya cell cycle arrest
molecular biology

HPV Life Cycle

diringkas dari Fehrmann and Laimins (2003) : Human papillomaviruses: targeting differentiating epithelial cells for malignant transformation

  • siklus hidup produktif HPV berhubungan dengan differensiasi sel epitel (fyi, sel serviks yang diinfeksi oleh HPV merupakan sel epitel)

 

  • bagaimana infeksi oleh HPV pada sel terjadi?

adanya microtrauma pada epitelium –> sel basal dimasuki oleh virus –>masuk ke dalam keratinosit –> genom HPV bereplikasi bersama dengan replikasi DNA seluler (replikasi dan maintenance genom HPV berasosiasi dengan ekspresi protein E HPV) –> sel anakan yang terinfeksi meninggalkan lapisan basal, bermigrasi ke daerah suprabasal, dan berdifferensiasi

  • sel yang tidak terinfeksi akan keluar dari siklus sel ketika lepas dari basement membran, sementara sel yang terinfeksi HPV akan masuk ke dalam fase S ketika mencapai lapisan suprabasal. Masuknya sel ke dalam fase S ini menyebabkan amplifikasi genome viral, sintesis E1 dan E4, dan protein capsid. Virus yang terbentuk akan terlepas ke lingkungan ketika lapisan atas epitelium terbuka.

 

  • pada kanker serviks, genom HPV sering ditemukan berintegrasi dengan DNA seluler host. Integrasi ini sering menyebabkan rusaknya protein E2 (yang merupakan inhibitor pengkopian DNA viral), menyebabkan E6 dan E7 terekspresi sangat tinggi dan berkontribusi dalam pembentukan kanker.

 

image

molecular biology

Genom HPV (Review Article)

Diringkas dari Fehrmann and Laimins (2003) : Human papillomaviruses: targeting differentiating epithelial cells for malignant transformation

  • semua tipe HPV memiliki 8 ORF (open reading frame) –> daerah pembacaan DNA yang akan ditranslasi menjadi protein
  • terdapat dua jenis produk gen (berupa protein) : early (E) yang diekspresikan dari early promotor (P97) sebelum replikasi terjadi ; dan late (L) yang diekpresikan dari late promotor (P742) pada saat sintesis virus baru
  • protein yang dihasilkan HPV :
  1. E1 dan E2 : penting untuk replikasi DNA virus dan berikatan sebagai kompleks pada sekuen di sekitar origin replikasi. E2 juga memiliki aktivitas repressor pada promoter virus dan berfungsi sebagai mekanisme kontrol replikasi
  2. E4 : diekspresikan sebagai protein fusi dengan 5 asam amino berasal dari ujung N E1 dan terlibat dalam perubahan jaringan sitoskeleton
  3. E5 : fungsi secara jelas belum diketahui, tetapi sepertinya mengkode protein membran dengan aktivitas transformasi yang rendah
  4. E6 dan E7 : protein transformasi yang utama dan beraksi dengan memodulasi aktivitas protein selular yang mengatur siklus sel.
  5. L1 dan L2 : mengkode protein kapsid

 

image

chemoterapy

Repair of Cisplatin-DNA Adducts (Article Review)

Direview dari Cepeda et al.(2007) – Biochemical Mechanism of Cisplatin Cytotoxicity

Dapat terjadi repair DNA adduct dengan cisplatin yang menyebabkan gagalnya aksi cisplatin. Penyebabnya yang utama adalah :

1. Nucleotide Excision Repair (NER) Protein
protein ini menjadi penyebab utama resistensi cisplatin. NER mengenali ikatan intrastrand DNA akibat cisplatin dan memotong bagian tersebut. DNA yang hilang disintesis kembali oleh DNA polymerase.
3

2. Mistmatch Repair (MMR) Protein
MMR adalah sistem perbaikan post-replikasi yang membenarkan nukleotida yang salah dipasangkan. MMR akan memasukkan nukelotida yang benar pada strand DNA yang tidak rusak di seberang DNA adduct.

3. DNA-dependent Protein Kinase
DNA-PK protein dapat berinteraksi dengan lesi cisplatin-DNA dan memperbaiki DNA double strand yang rusak.