A World without Islam [Book Review]


This is not an easy read for me, but it does contain a lot of interesting argument by Graham Fuller. Graham Fuller was a vice president at a CIA department and had dealt with a lot of cases in the Middle East. From his own experiences and his research, he comes to an argument that the world without Islam will still be as chaotic as now. Islam, which now is often suspected as a violent religion, has little effect in most conflicts between the West and the East (especially middle east).


In this blog post, I would like to highlight some interesting arguments and facts from Fuller.

Continue reading “A World without Islam [Book Review]”


Being Mortal [Book Review]

Finally, I manage to read Atul Gawande’s book.

In this book, Atul Gawande provides us a contemplative reading about the human relationship with life purpose, aging, and medicine. While the modern science and medicine manage to ‘extend’ human lives, we often forget that healthcare is not only to ensure prolong life and survival; but to enable one’s well-being as well. A really good book to remind us of what our beloved ones (parents, spouse, children, friends; even ourselves) need in these mortal lives.


Continue reading “Being Mortal [Book Review]”

books · chemoterapy · drug

The Demon Under the Microscope [Book Review]

Thomas Hager wrote the biography of sulfa drugs in a novelette-like story, which is amazing! There are inspirations and tragic stories in the way of searching the cure for infections, the great maladies haunting human lives for centuries. I think this book should be a mandatory reading for anyone interested in medical and drug development, as this sulfa drugs were the first drug that confirmed the possibility of a ‘magic bullet’ (specific drug) for a disease (in this case, infection).

Sulfa-class drugs were the first antibiotic (even before the famous penicillin) widely used to treat various infections, from the infection of childbirth (which could kill more than 50% of mothers giving birth during its epidemic) to the war-related infections during WWII. Sulfa is also the drug that underlies the principle of pharmacology and toxicity tests before a drug can be launched to the market. And thanks to sulfa that the FDA gained its position as the ‘powerful’ drug regulatory agency nowadays. Alas, almost all of sulfa’s inventors suffered from tragic fate during WWII, despite the fact that they were the most meritorious people who ‘saved’ a lot of people during WWII.


And in this blog, I want to go into a more detail story about this sulfa drugs.

Continue reading “The Demon Under the Microscope [Book Review]”

idea · Inspiring people

Atul Gawande and his lessons

I’ve just listened to a nice podcast from freakonomics radio, featuring Atul Gawande. He discusses the complexity of healthcare system and how he attempts to tackle various problems in healthcare and medical practice using as simple as possible strategy. Interested in his talk, I’m searching who is this Atul Gawande. Turns out, he is a cancer surgeon, a public-health researcher, and a best-seller book writer. What a person! (and how silly I am for knowing this late).


Anyway, then I watched his TED-talks above, which is very interesting for me. I’ll just write some of the lessons I got from that video as a reminder for myself.

  • I love how he brings a small cheatsheet for his presentation. I believe he’s a good speaker and storyteller, but look at how he’s still prepared for his points of the presentation.
  • Coaching is important to become the best version of you. I personally relate to this topic. I currently start learning a pretty new subject for myself, and true, it was so difficult without a mentor or coach who can give me a feedback for what I’m learning.
  • Execution of a planning. A good planning is not enough without a good execution. In the video, Gawande shows how a good execution of baby-birth checklist dramatically reduces the birth-complication. However, to conduct a good execution means to beat one’s resistance to a change. I think this is more difficult than making a good planning.
  • When I first visit a doctor in the US, I was overwhelmed by the checklist the doctor needed to do when examined such simple flu-like symptoms. After watched Gawande’s video, I started to understand that such systematic procedure is there to avoid any misdiagnose, even for an ‘easy’ illness. I wonder, this kind of checklist might be suitable to apply in Indonesia drugstore, whether or not to give an OWA (obat wajib apotek) for the patient (or is it something similar has been used, yet?)

Looking forward to reading his books and contemplating more of Gawande’s idea.

molecular biology · my labwork · publication

Identifikasi Protein dengan MALDI-TOF MS (1)

Beberapa waktu yang lalu, saya dikontak oleh beberapa orang untuk berdiskusi mengenai prosedur identifikasi protein. Saya jadi kepikiran untuk sedikit cerita suka-duka yang saya alami dalam melakukan eksperimen identifikasi protein. Kebetulan, saya sedikit belajar tentang identifikasi protein ketika sekolah S2 dan hasil penelitian tersebut dipublikasikan di sini. Dalam penelitian tersebut, saya meneliti tentang protein yang berinteraksi secara spesifik dengan kurkumin, dengan menggunakan model sel leukemia (chronic myeloid leukemia/CML).

Secara umum, eksperimen identifikasi protein dibagi menjadi 3 tahap, yaitu preparasi sampel, aplikasi sampel ke dalam instrumen, dan analisis data yang dihasilkan oleh instrumen tersebut. Instrumen yang lazim digunakan untuk identifikasi protein adalah mass spectrometry. Terdapat berbagai jenis mass spectometry; dan instrumen yang saya gunakan adalah MALDI-TOF MS (Matrix Assisted Laser Desorption/IonizationTime of Flight Mass Spectrometry). Prinsip kerja MALDI-TOF akan saya jabarkan di bawah.

Tahapan eksperimen yang saya lakukan sendiri adalah preparasi sampel dan analisis data, sementara tahap aplikasi sampel ke dalam instrumen MALDI-TOF dilakukan oleh teknisi khusus alat MALDI-TOF di kampus karena pengoperasian alat ini memerlukan skill dan lisensi khusus. Oleh karena itu, saya akan membahas lebih detail bagian preparasi sampel dan analisis data.

  1. Preparasi sampel

Identifikasi protein dengan MALDI-TOF (atau mass-spectometry lainnya) adalah eksperimen yang mahal dan memerlukan effort yang besar. Oleh karena itu, perencanaan eksperimen dan preparasi sampel yang cermat sangat diperlukan sehingga eksperimen memberikan hasil yang memuaskan.

Preparasi sampel yang dilakukan bergantung pada jenis eksperimen dan tujuan data eksperimen tersebut. Karena saya ingin mengetahui interaksi kurkumin dengan protein, maka saya membuat kurkumin beads sebagai bait untuk menarik protein interaktornya dari lisat sel (isolasi protein) dengan metode pulldown assay. Contoh lain, jika kita ingin meneliti interaksi antar protein-protein, maka gunakan salah satu protein sebagai bait-nya. Selain dengan pulldown assay, berbagai metode dapat digunakan untuk mengisolasi protein yang diinginkan, antara lain kromatografi afinitas. Kita juga bisa menggunakan lisat sel keseluruhan (whole cell lysate) sebagai sampel jika ingin mengidentifikasi protein dari suatu sampel sel atau jaringan.

Skema kerja isolasi protein yang berinteraksi dengan kurkumin, menggunakan metode pulldown assay

Dua hal mendetail yang tidak banyak dibahas di dalam paper-paper adalah resiko kontaminasi dan pemilihan reagent staining untuk visualisasi protein target. MALDI-TOF dan mass spectrometry lain adalah instrumen-instrumen yang sangat sensitif . Oleh karena itu, besar resiko terjadi kontaminasi dari protein lain ketika kita mengerjakan eksperimen ini. Apa kontaminasi yang terjadi dan dari mana asal kontaminasi tersebut?

Kontaminasi yang sangat mungkin terjadi adalah terdeteksinya protein keratin dalam sampel kita. Suspect terjadinya kontaminasi tersebut adalah diri kita sendiri sebagai pelaku eksperimen karena keratin dapat berasal dari serpihan kulit atau rambut kita. Oleh karena itu, diperlukan kewaspadaan yang tinggi dalam melakukan preparasi sampel untuk identifikasi protein. Tindakan-tindakan yang dapat dilakukan untuk meminimalisir kontaminasi antara lain:

  • Membersihkan peralatan SDS-PAGE dengan baik (merendam peralatan dengan cairan pembersih minimal selama 1 jam, membilas peralatan dengan aquabides sebanyak 2-3 kali, lalu mengeringkan peralatan di dalam oven tanpa adanya peralatan lain)
  • Gunakan 2 lapis sarung tangan selama melakukan eksperimen dan/atau membersihkan peralatan
  • Lakukan eksperimen dengan ringkas dan gerakan seminimal mungkin. Oleh karena itu, penting dilakukan ‘simulasi’ eksperimen untuk mengetahui letak alat, reagen, dan hal lain yang diperlukan. Hal ini akan meminimalisir terjadi gerakan yang tidak perlu ketika eksperimen yang sesungguhnya.

Deteksi awal protein target dilakukan dengan SDS-PAGE dilanjutkan dengan staining gel menggunakan reagent yang sesuai. Pada awal eksperimen (optimasi metode), saya menggunakan metode silver staining untuk visualisasi protein pada gel karena metode ini memiliki tingkat sensitivitas yang tinggi dengan harga yang relatif terjangkau. Namun, saya tidak dapat menggunakan metode silver staining dalam preparasi sampel untuk instrumen MALDI-TOF karena perlu dilakukan destaining pada gel sebelum sampel dapat diaplikasikan pada instrumen. Perlunya tahap destaining akan memperpanjang eksperimen yang perlu dilakukan dan memperbesar resiko terjadinya kontaminasi protein. Oleh karena itu, saya menggunakan flamingo staining untuk visualisasi gel hasil SDS-PAGE. Kelebihan flamingo staining adalah sifatnya yang kompatibel dengan MALDI-TOF sehingga tidak diperlukan destaining gel sebelum sample diaplikasikan pada instrumen.

Screen Shot 2018-04-20 at 19.30.30
Hasil isolasi protein yang berikatan dengan kurkumin beads dan control beads. Gel yang menunjukkan posisi protein yang diinginkan (<50 kDa) kemudian dipotong dan dianalisis dengan MALDI-TOF MS

Berdasarkan hasil eksperimen SDS-PAGE, saya menemukan bahwa kurkumin berikatan dengan protein-protein dengan ukuran <50 kDa. Oleh karena itu, untuk keperluan analisis MALDI-TOF, saya hanya menganalisis protein dengan ukuran <50 kDA dengan cara memotong gel hasil SDS-PAGE tersebut pada ukuran <50 kDa. Saya juga membandingkan protein yang berikatan pada control beads (beads yang tidak dikopling dengan kurkumin) vs protein yang berikatan pada kurkumin beads untuk mengeliminasi false positive pada hasil analisis MALDI-TOF.


bersambung ke bagian dua di sini.



molecular biology · my labwork · publication

Identifikasi Protein dengan MALDI-TOF MS (2)

Baca tahapan eksperimen sebelumnya di sini.

  1. Aplikasi sampel ke dalam instrumen (MALDI TOF)

Tahap eksperimen ini tidak saya lakukan sendiri sehingga saya akan menceritakan secara sederhana prinsip kerja instrumen MALDI-TOF MS. Sampel yang sudah didapat dari tahap sebelumnya (tahap 1) dicampurkan dengan matriks dan kemudian diaplikasikan pada instrumen. Dalam eksperimen saya, sampel protein didigesti terlebih dulu dengan enzim tripsin dan peptida-peptida protein yang terbentuk dicampur dengan matriks. Digesti protein menjadi peptida penting dilakukan karena MALDI-TOF dapat mendeteksi molekul dengan baik pada rentang ukuran 600 Da-3500 Da (0.6 kDa-3.5 kDa). Penjelasan lebih lanjut mengenai matriks MALDI-TOF dapat dibaca di sini.

Sampel dan matriks kemudian ditembak dengan laser dan radiasi laser tersebut akan ‘menguapkan’ dan memberi muatan elektronik pada matriks+sampel hingga menjadi ion, yang kemudian ion tersebut bergerak menuju ke detektor. Besarnya muatan elektronik ion akan memisahkan ion satu dengan yang lain (berdasarkan rasio m/z+ atau rasio massa/muatan elektronik) sehingga akan terbentuk spektra massa yang kemudian dideteksi oleh detektor.


Prinsip kerja instrumen MALDI-TOF MS (sumber)


  1. Analisis data

Setelah sampel selesai dianalisis dengan alat MALDI-TOF, saya mendapat raw data dari sampel beads kontrol dan sampel beads kurkumin. Berikut adalah penampakan raw data tersebut (dalam format .htm). Alat MALDI-TOF yang terdapat di kampus saya sudah terintegrasi dengan database peptida protein sehingga saya mendapat raw data yang sudah berbentuk list protein. Raw data yang didapat dari instrumen MALDI-TOF juga dapat dianalisis terpisah menggunakan berbagai software atau website, seperti MASCOT,  ProteinProspector, dan Mass++. Dari raw data eksperimen saya, terdapat 26 protein yang terdeteksi pada sampel control beads dan 53 protein pada sampel kurkumin beads. Lantas, bagaimana analisis selanjutnya?

Screen Shot 2018-04-20 at 19.36.21
Raw data dari sampel control beads




Screen Shot 2018-04-20 at 19.37.00
Raw data dari sampel kurkumin beads



Screen Shot 2018-04-20 at 19.37.10
Salah satu protein yang terdeteksi pada sampel kurkumin beads adalah carbonyl reductase 1 (CBR1). Data tersebut juga memberikan nilai massa teoretis protein, berapa banyak peptida yang terdeteksi pada sampel dan tingkat kemiripannya dengan database peptida, list peptida yang terdeteksi, serta kemungkinan protein lain yang memiliki kemiripan peptida.


Terlihat bahwa baik pada sampel kontrol maupun sampel kurkumin, terdeteksi adanya protein keratin. Kemungkinan yang sangat besar keratin tersebut adalah kontaminan yang berasal dari pelaku eksperimen (saya) dalam melakukan preparasi sampel (walaupun saya sudah melakukan tahap-tahap preventif kontaminasi seperti yang saya jelaskan di atas). Selanjutnya, saya membandingkan protein yang terdeteksi pada sampel kontrol dan sampel kurkumin; untuk kemudian mengidentifikasi protein spesifik yang berikatan dengan kurkumin beads. Hasilnya, saya mendapat 30 kandidat protein yang spesifik berikatan dengan kurkumin beads.

Langkah selanjutnya yang perlu dilakukan terkait dengan list kandidat protein yang didapat dari mass spectrometry adalah verifikasi data. Verifikasi data dapat dilakukan dengan berbagai metode sesuai dengan tujuan penelitian kita. Untuk memverifikasi data mass spectrometry yang saya dapat, saya melakukan pulldown assay dan dilanjutkan dengan western blot.


Sekian cerita tentang eksperimen identifikasi protein yang saya jalani. Eksperimen ini merupakan eksperimen yang rumit dan menguji kecermatan serta ketelatenan kita sebagai seorang peneliti. Tetapi, hal tersebut akan terbayar ketika kita berhasil mendapat list protein yang minim kontaminasi :).


Tambahan bacaan mengenai identifikasi protein dengan MALDI-TOF: (penjelasan ringkas tentang MALDI-TOF MS) (Sample preparation guidelines for MALDI ToF mass spectrometry)





Cegah penyalahgunaan obat dengan ‘safe medication disposal’

Di Amerika Serikat, drugstore merupakan tempat one stop shoping. Retail farmasi seperti Walgreen, CVS, Rite-Aid, dan Duane-Reade menyediakan tidak hanya obat-obatan, namun barang keperluan sehari-hari seperti makanan, kosmetik, alat rumah tangga, hingga jasa foto dan print foto. Kelengkapan tersebut menyebabkan retail farmasi lebih menyerupai sebuah convenience store. Saya sendiri sangat sering mampir drugstore tersebut untuk membeli keperluan harian. Kelengkapan dan lokasinya yang strategis dan tersebar luas menyebabkan drugstore menjadi pilihan orang-orang untuk mampir membeli barang. Namun selain drugstore ‘rasa’ convenience store, masih terdapat pula apotek-apotek konvensional.


Banyak hal unik yang saya temukan terkait dengan drugstore di sini. Salah satunya adalah keberadaan ‘safe medication disposal, yaitu kotak pembuangan obat-obatan yang sudah kadaluarsa atau tidak digunakan lagi. Masyarakat dapat membuang obat bebas maupun obat resep dalam bentuk padat ke dalam kotak ini. Namun, obat berbentuk cairan, inhaler, aerosol, jarum, dan obat ‘ilegal’ tidak boleh dibuang di kotak ini. Kotak pembuangan obat ini sudah terdapat di 500 gerai Walgreendi AS. Melalui program ini, Walgreen dapat mengumpulkan lebih dari 10 ton ‘sampah’ obat pada tahun 2016 (ref.) Selain Walgreen, retail farmasi lain juga menyediakan kotak pembuangan obat.



WhatsApp Image 2017-07-11 at 11.05.39 AM
Kotak pembuangan obat di Walgreen


Pembuangan obat menjadi salah satu problem yang harus dituntaskan di masyarakat. Jika tidak, rawan sekali terjadi penyalahgunaan obat. Pada tahun 2013, terdapat 23% remaja yang melakukan penyalahgunaan obat. Obat-obatan tersebut mereka temukan di kotak obat di rumah mereka. Alasan yang menyebabkan penyalahgunaan tersebut antara lain untuk merasa rileks atau hanya ingin coba-coba (ref.). Selain itu, obat kadaluarsa juga berbahaya jika tidak dibuang dengan semestinya.


Gerakan ‘safe medication disposal’ ini dapat dimplentasikan di gerai-gerai apotek di Indonesia. Selain penyuluhan dan konseling oleh tenaga kesehatan (terutama apoteker), keberadaan kotak pembuangan obat ini dapat meningkatkan perhatian dan kewaspadaan masyarakat untuk membuang obat dengan benar.